自分的結論

さわる前はstowで十分と想像したけど、（linux環境なら）pacoでstowは代替できる、いや./configureのオプションを覚えててくれるのでこれは乗り換えると楽できそう、と感じた。

hoge% paco -o ctags-5.7
　--prefix=/home/hoge/usr/local/stow/ctags-5.7 --enable-etags 　--enable-external-sort

これでアップデートも安心してできそう。他にもcheckinstallっていうのもあるらしいけどディストリビューション依存のパッケージ形式で管理できるようにtar.gzなファイルをいじるだけのようなのでpacoのほうが汎用性が高そうだな。あとあんまし関係ないけどgentooのemergeのことをふと思い出した。

まあ、すでにstowで管理してるアプリケーションも結構あるので、バージョンアップがあったときにでも入れ替える。ということで今後に期待。